Przedmiotem działalności Centralnego Ośrodka jest prowadzenie programów badań biegłości POLMICRO poprzez porównania międzylaboratoryjne. Program prowadzony jest w zakresie identyfikacji, oznaczania lekowrażliwości, wykrywania i interpretacji mechanizmów oporności drobnoustrojów na antybiotyki, oceny preparatów mikroskopowych przez przygotowywanie i dostarczanie laboratoriom uczestniczącym materiałów kontrolnych, gromadzenie, archiwizowanie i opracowywanie danych uzyskanych w Programie oraz przygotowywanie ocen indywidualnych uczestników sprawdzianów.
Po podsumowaniu wszystkich edycji programu w cyklu rocznym Centralny Ośrodek wydaje świadectwa Ogólnopolskiego Sprawdzianu Wiarygodności Badań Mikrobiologicznych POLMICRO – laboratoriom uczestniczącym w programie badań biegłości, które uzyskały wyniki pozytywne we wszystkich edycjach programu w danym roku oraz zaświadczenia – laboratoriom uczestniczącym w programie badań biegłości, które nie przystąpiły do wszystkich edycji programu lub uzyskały co najmniej jedną ocenę negatywną w danym roku.