Centralny Ośrodek Badań Jakości w Diagnostyce Mikrobiologicznej jest państwową jednostką budżetową podległą ministrowi właściwemu do spraw zdrowia. Działa on w oparciu o Zarządzenie Ministra Zdrowia z dnia 11 czerwca 2010 r. z późniejszymi zmianami.
Strukturę organizacyjną, zakres działania oraz zasady funkcjonowania Ośrodka określa “Statut” wprowadzony Zarządzeniem Ministra Zdrowia z dnia 11.06.2010 r.
Działalnością Centralnego Ośrodka kieruje Dyrektor, który reprezentuje Ośrodek na zewnątrz.
Dyrektor kieruje Centralnym Ośrodkiem przy pomocy Zastępcy Dyrektora i Głównego Księgowego.
W skład Centralnego Ośrodka wchodzą następujące komórki organizacyjne:
- Dział Administracyjno-Finansowy
- Samodzielna Pracownia Mikrobiologii i Epidemiologii
- Dział Szkoleniowy
- Samodzielna Pracownia Informatyczna
- Archiwum Zakładowe
- Sekretariat